- St Jean Cap Ferrat (c) PCA -

Les écosystèmes marins méditerranéens et notamment les peuplements de poissons sont exposés à des menaces croissantes en lien avec l’essor des activités anthropiques sur le milieu côtier. Parmi les menaces qui pèsent le plus sur les assemblages de poissons, on peut citer la surpêche ou encore la destruction de leur habitat (ancrage des bateaux de plaisance sur les herbiers à Posidonia oceanica, destruction des petits fonds côtiers par le développement d’aménagements artificiels sur le littoral). Cependant, les peuplements de poissons jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes marins en permettant notamment le transfert d’énergie au sein du réseau trophique. Ils sont également essentiels au maintien des activités économiques locales telle que la pêche artisanale.

Dans ce contexte, il paraît primordial de suivre l’état de santé des communautés de poissons en étudiant leur diversité et leur composition. Pour cela une équipe de chercheurs du laboratoire Ecoseas de l’Université Côte d’Azur va procéder au mois d'octobre à plusieurs missions de plongée afin d’obtenir un recensement visuel de la zone Natura 2000 de Saint-Jean Cap Ferrat depuis le Port.

Pour y parvenir, plusieurs méthodes sont couramment utilisées : les recensements visuels en plongée et l’étude des réseaux trophiques. Parallèlement à ces techniques conventionnelles, de nouvelles méthodes innovantes ont été mises au point, en particulier celle de l’ADN environnemental.

Cette méthode repose sur la détection d’espèces dans une zone donnée à partir de prélèvements d’eau de mer contenant des fragments d’ADN libérés par les organismes dans le milieu marin. Elle nécessite plusieurs étapes : l’échantillonnage d’eau en mer, la filtration, l’extraction des acides nucléiques, l’amplification des fragments d’ADN par PCR avec des amorces spécifiques aux poissons, le séquençage et le traitement bio-informatique afin de pouvoir associer chaque séquence d’ADN à une espèce.

Ce projet s’inscrit dans la continuité du projet Recif. Il a consisté en la réalisation d’un suivi standardisé des peuplements de poissons en 2022 dans huit Zones de Non Prélèvement de Méditerranée, dont quatre sont concernées par ce nouveau projet. 

• Le laboratoire Ecoseas est spécialisé en écologie marine fondamentale et appliquée. La plupart des travaux de recherche sont menés en mer Méditerranée et abordent à la fois des questions théoriques (fonctionnement des écosystèmes, biologie et écologie des espèces et des communautés ; changements bioécologiques sous l'influence du changement climatique) et appliquées (conservation et évaluation à l'échelle de l'écosystème ; zones côtières ; gestion des activités humaines dans les zones côtières ; pêche artisanale durable ; biosurveillance écotoxicologique).
• Université Côte d’Azur est une Université dite expérimentale qui depuis le 1er janvier 2020 s'est substituée à l'Université Nice Sophia Antipolis et à la Communauté d'Universités et Établissements Université Côte d’Azur. Le décret portant sa création a été publié le 26 juillet 2019 au Journal Officiel. Lauréate en 2016 d’une initiative d’excellence, Université Côte d’Azur se place parmi les grandes universités de recherche françaises.